Perkembangan pendidikan dokter spesialis anak di Indonesia merupakan bagian dari perkembangan profesi kedokteran pada umumnya. Pengajaran ilmu penyakit anak di Indonesia yang diberikan oleh dokter spesialis anak secara khusus dimulai pada tahun 1933 oleh dr. Mas Dayat Hidayat, seorang Inlandsch Arts lulusan STOVIA (1916) di NIAS (Nederlands-Indische Artsen School) Surabaya dan pada tahun 1934 di Sekolah Tinggi Kedokteran (Geneeskundige Hoogeschool/GH) Jakarta oleh dr. J.H.de Haas seorang dokter anak lulusan Belanda. Pada tahun 1938, dr.J.H.de Haas membuka Bagian Anak di Jakarta dan memulai pendidikan dokter spesialis anak dengan cara magang. Pada waktu itu lama pendidikan dokter spesialis anak adalah dua tahun.

Kurikulum Pendidikan DSA di Indonesia pertama kali disusun pada tahun 1990 oleh Prof I.G. Ranuh dengan menggunakan sistem magang dan lama pendidikan 10 semester. Pada saat itu ditetapkan sejumlah kompetensi berdasarkan penyakit dan prosedur yang harus dikuasai oleh DSA, dan mudah diphamai bahwa tidak dapat dihindarinya tumpang tindih pokok bahasan dan kompetensi tingkat spesialis dan subspesialis.

Pada KONIKA Bali tahun 2002, pendidikan DSA mengalami perubahan dengan diberlakukannya program Double/Combine Degree, yaitu seorang pendidikan DSA berjalan secara simultan dengan pendidikan setara master (S-2). Pada rapat kerja IDAI 2011 di Lampung ditetapkan Standar Nasional Pendidikan DSA dengan 157 kompetensi dan 207 modul. Pada saat itu ditetapkan pula falsafah pendidikan DSA adalah pendidikan akademik-profesional berdasarkan kompetensi.

Awal pendidikan subspesialis yang ditetapkan pada tahun 2014 untuk seluruh disiplin keilmuan IKA membantu penataan kewenangan spesialis dan subspesialis sehingga mewarnai penyelenggaraan pendidikan DSA menuju penyelarasan kualifikasi dan kewenangannya. Setelah melalui beberapa kali rapat maka pada tahun 2017 pertemuan KIKAI dengan UKK IDAI menyepakati pokok bahasan DSA dan dokter subspesialis anak dengan beban studi maupun tingkat kewenangan masing-masing sehingga revisi kerangka kurikulum dapat terbentuk. Kurikulum IDAI terakhir kali mengalami revisi adalah pada tahun 2000.

Sampai dengan tahun 2018 terdapat 15 Fakultas Kedokteran yang telah memiliki program pendidikan DSA yang telah mendapat pengesahan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi dan terakreditasi A semuanya oleh LAMPTKES, yaitu: